O Conselho Universitário (CONSUN) tem uma composição provisória que vigorará até a entrada em vigor do Estatuto da UNILA. O caráter Pró-Tempore foi adotado para acelerar o debate de questões urgentes ligadas ao ano letivo de 2012. No mesmo dia da posse (18/11) dos oito membros do CONSUN, começaram também a operar as três Comissões Consultivas que formam as mais importantes instâncias deliberativas da universidade.
Tanto o Conselho quanto as Comissões Consultivas contam com a participação de representantes de toda a comunidade universitária que são escolhidos entre os docentes, estudantes e técnicos administrativos em educação. Os grupos terão representatividade nas três 
Comissões Consultivas que são a de Administração, Gestão e Infraestrutura, a de Planejamento, Finanças e Desenvolvimentos Institucional, e a de Superintendência de Construção do Novo Campus.
O reitor Hélgio Trindade destacou a importância do início das funções do Conselho e das Comissões como uma etapa chave no processo de implantação da UNILA. “Numa Universidade democrática há espaços para várias discussões, como no conselho de pró-reitores e nas reuniões para elaboração do Estatuto. Porém será nas reuniões do Conselho Universitário que muitos assuntos serão discutidos com a participação efetiva dos representantes, que terão direito a voto”, disse ele.
O Conselho Universitário é composto por três representantes dos professores, dois dos estudantes e um dos técnicos administrativos em educação, com respectivos suplentes. Também participarão das reuniões do Conselho cinco pró-reitores e secretários, com direito a voz mas não a voto.
O Conselho Universitário Pró Tempore é o órgão máximo de função normativa, deliberativa e de planejamento da Universidade e é presidido pelo reitor Hélgio Trindade. As reuniões ordinárias acontecerão uma vez ao mês. Na reunião de instalação do Conselho foram discutidas questões ligadas ao novo concurso para contratação de 53 docentes e ao processo seletivo 2012 de alunos brasileiros e de outros países.
Já as Comissões Consultivas são órgãos voltados para o acompanhamento da implantação, desenvolvimento e aperfeiçoamento da Universidade, especialmente no que se refere ao diálogo com a comunidade acadêmica e os órgãos de gestão e direção da Universidade.
Segue a composição do CONSUN e das Comissões Consultivas:
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Docentes Cleusa Silva Gomes Gilcélia Aparecida Cordeiro Juan de Diós Garrido Arrate Téc. Adm. João Afonso Hirt Luiz Carlos Krudykz (suplente) Estudantes Heloísa Lemes Silva Francisco Denis Pereira Juarez Wagner (suplente) |
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Docentes Exzolvildres Queiroz Neto Janine Padilha Botton Joylan Nunes Maciel Téc. Adm. Juliana da Rocha Guilherme Otávio Montezol (suplente) Estudantes Juan Nestor Orgaz Espinosa Dagner Warthon Atauje (suplente) |
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Docentes Dirceu Basso Eduardo José Vior Gilson Batista de Oliveira Téc. Adm. Erwin Becker Marques Felipe Leonardo Leandro (suplente) Estudantes Andrea Montano Lourtet Vinicius Ruas Maderi (suplente) |
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Docentes Laura Janaina Dias Amato Angela Maria de Souza Rodrigo Bloot Téc. Adm. Paula dos Santos Jair Jeremias Junior (suplente) Estudantes Caren Freitas de Lima Gionei Gaio Bruno Elizer Melo Martins (suplente) |