Os alunos da UNILA recebem assistência médica gratuita, através do Sistema Unico de Saúde (SUS) do Ministério da Saúde. Para ter direito ao atendimento nas unidades do sistema público de saúde, os alunos devem providenciar um cartão especial do SUS, seguindo a orientação da Pró-reitoria de Assistência Estudantil e Comunitária da UNILA (PROAEC).
Em caso de emergência, os alunos são encaminhados às Unidades Básicas de Saúde (mantidas pelo Ministério da Saúde), às Unidades de Pronto Atendimento (UPAs) e aos hospitais da rede municipal de saúde, de Foz do Iguaçu.
Nas instalações do Parque Tecnológico Itaipu (PTI), onde funciona provisoriamente a UNILA, há uma farmácia e um posto para assistência emergencial, que conta com o atendimento de uma enfermeira e um médico.