A Universidade Federal da Integração Latino-Americana (UNILA) começou a ser estruturada em 2007 pela Comissão de Implantação com a proposta de criação do Instituto Mercosul de Estudos Avançados (IMEA), em convênio com a Universidade Federal do Paraná (UFPR) e a Itaipu Binacional.
A Comissão de Implantação da UNILA foi instituída pela SESu/MEC, por meio da Portaria nº 43 de 17 de janeiro de 2008, presidida por Hélgio Trindade, professor titular de Ciência Política, ex-reitor da UFRGS e membro da Câmara de Educação Superior do CNE. Foi constituída por 13 membros:
À Comissão de Implantação foi atribuída a missão de “realizar estudos e atividades para o planejamento institucional, a organização da estrutura acadêmica e curricular e a administração de pessoal, patrimônio, orçamento e finanças, visando atender os objetivos do Projeto de Lei”, contando “com o apoio de especialistas, escolhidos por sua competência no âmbito latino-americano e internacional” e buscando “atuar em rede com as universidades brasileiras, em intercâmbio com as instituições universitárias dos demais países da América Latina e organismos de integração regional”.
No dia 12 de dezembro de 2007, o então presidente Luiz Inácio Lula da Silva apresentou, ao Congresso Nacional, o projeto de lei que viria, mais tarde, a criar a Universidade Federal da Integração Latino-Americana, a UNILA.
Como uma prova inconteste do interesse da sociedade em criar uma Universidade inovadora e voltada à integração latino-americana, o Projeto de Lei foi aprovado por unanimidade em todas as comissões por que passou, tanto na Câmara dos Deputados quanto no Senado Federal.
E, finalmente, no dia 12 de janeiro de 2010, a Lei 12.189 foi sancionada pelo presidente Lula, em cerimônia realizada em Brasília.
A UNILA, instalada provisoriamente no Parque Tecnológico Itaipu (PTI), em Foz do Iguaçu, iniciou suas atividades acadêmicas ainda em 2010, no dia 16 de agosto. Na ocasião, a Universidade já tinha cerca de 200 alunos oriundos do Brasil, Paraguai, Uruguai e Argentina, subdivididos em seis cursos de graduação.

Para marcar o início de suas atividades letivas, a UNILA realizou uma aula inaugural, no dia 2 de setembro de 2010, ministrada pelo então presidente da República, Luiz Inácio Lula da Silva.
