A instalação do Instituto Mercosul de Estudos Avançados (IMEA), em 20 de agosto de 2009, na sede provisória da então futura Universidade, no Parque Tecnológico Itaipu (PTI), em Foz do Iguaçu, marcou uma etapa decisiva no processo de implantação da UNILA. O Instituto tornou-se a unidade precursora da Universidade e o centro de desenvolvimento de suas diretrizes acadêmicas para a graduação, a pós-graduação e as linhas de pesquisa. A criação do IMEA foi aprovada por unanimidade pelos membros do Conselho Universitário da Universidade Federal do Paraná (UFPR), instituição tutora da UNILA, em 06 de agosto de 2009.
Estiveram presentes na solenidade de instalação do IMEA, a secretária de Educação Superior (SESU) do MEC, Maria Paula Dallari, representando o ministro de Educação, Fernando Haddad; os diretores brasileiro e paraguaio da Itaipu Binacional, Jorge Samek e Carlos Mateo Balmelli; o vice-prefeito de Foz do Iguaçu, Chico Brasileiro, representando o prefeito Paulo Mac Donald Ghisi; o diretor-superintende da Fundação PTI, Juan Carlos Sotuyo; o reitor da UFPR, Zaki Akel Sobrinho; o representante do Conselho Nacional de Educação (CNE), Paulo Vanhoni; o representante da Secretaria Estadual de Ciência, Tecnologia e Ensino Superior, Jairo Pacheco; além de especialistas e reitores de universidades latino-americanas, profissionais e estudantes.
No dia 19, pela manhã, os membros do Conselho Latino-Americano do IMEA tomaram posse e, à noite, foi inaugurado o primeiro evento do IMEA, o Colóquio Internacional Educação para a Integração Latino-Americana, com a conferência magna do reitor da Universidad Andina Simón Bolívar, sede Equador, Enrique Ayala Mora. O evento reuniu especialistas latino-americanos, europeus e norte-americanos, no auditório César Lattes, do PTI, de 19 a 22 de agosto de 2009.
A inauguração do IMEA, ainda na fase de estruturação da Universidade, foi possível graças ao respaldo legal da UFPR e do apoio efetivo da Itaipu Binacional e da Fundação PTI. O IMEA foi a unidade precursora da UNILA.
O Instituto Mercosul de Estudos Avançados (IMEA) é uma unidade na qual a pluralidade de ideias e o estímulo à reflexão sobre a integração regional pelo conhecimento compartilhado nas áreas das Ciências, Engenharias, Humanidades, Letras, Artes, Ciências Sociais e Aplicadas, são constantemente fomentados. Inicialmente, o Instituto será formado pelas estruturas do Conselho Consultivo Latino-Americano (CONSULTIN), Colégio de Cátedras Latino-Americanas (CATELAM) e Coordenação Científica Colegiada que, juntos, elaboraram as atividades de ensino, pesquisa e extensão da Universidade.
As estruturas do IMEA deverão interagir com o centro de documentação da Biblioteca da UNILA, difundindo materiais das atividades e da produção científica desenvolvidas nele para a rede de universidades e instituições associadas. Na instalação do Instituto foram lançadas as primeiras publicações com o selo do IMEA, dois livros sobre a história da formação da futura universidade: A UNILA em construção: um projeto universitário para a América Latina e UNILA - Consulta Internacional.
Na solenidade de instalação do IMEA foram empossados os membros do Conselho Consultivo Latino-Americano do Instituto (CONSULTIN). Os 25 especialistas de diferentes países da América Latina que compõem o CONSULTIN foram escolhidos pela excelência em seus respectivos campos de atuação e saber e têm a atribuição de auxiliar na definição das orientações acadêmicas da UNILA, proporcionando uma visão conjuntural da Região.